Penerimaan Mahasiswa Baru jalur Seleksi Mandiri (PMBSM) Polnes merupakan jalur seleksi penerimaan mahasiswa baru yang diselenggarakan oleh Politeknik Negeri Samarinda setelah pelaksanaan seleksi jalur SNMPTN, SNMPN, SBMPTN, dan SBMPN. Seleksi ini seluruh lulusan SMA/MA/SMK dan Paket C dapat mengikuti dengan memilih program studi (Prodi) yang ada di Polnes. Prodi yang ditawarkan pada seleksi jalur Mandiri ada 11 Prodi jenjang Diploma III (D3/Ahli Madya) dan 10 Prodi jenjang Diploma IV (D4/Sarjana Terapan). Seleksi dilaksanakan melalui ujian tertulis secara online dan peserta yang diperkenankan adalah lulusan SLTA/Paket C tahun 2019, 2020, 2021 dan 2022 dan tidak lebih dari 24 tahun pada tanggal 29 Agustus 2022.

Politeknik Negeri Samarinda (Polnes) kembali membuka pendaftaran mahasiswa baru melalui jalur pendidikan Rekognisi Pembelajaran Lampau (RPL) pada tahun akademik 2022/2023. RPL adalah pengakuan atas Capaian Pembelajaran seseorang yang diperoleh dari pendidikan formal atau nonformal atau informal, dan/atau pengalaman kerja ke dalam pendidikan formal. Dengan demikian program RPL dapat digunakan untuk melanjutkan pendidikan formal pada jenjang yang lebih tinggi, dimana seseorang tidak perlu mengambil keseluruhan mata kuliah untuk mendapatkan ijazah, dikarenakan sebagian mata kuliah dapat memperoleh pengakuan kredit berdasarkan pengalan kerjanya atau berdasarkan pendidikan formal/nonformal/informal yang relevan yang telah ditempuh sebelumnya. Pengakuan sebagian mata kuliah tersebut dilakukan melalui tahap asesmen yang dilakukan oleh asesor.